Strukturu Vijeća mladih čini šest kantonalnih vijeća: Vijeće mladih Županije Zapadnohercegovačke, Vijeće mladih Unsko-sanskog kantona, Vijeće mladih Srednjobosanskog kantona, Vijeće mladih Tuzlanskog kantona, Vijeće mladih Županije Posavske i Vijeće mladih Kantona Sarajevo. Pored kantonalnih vijeća mladih u strukturu čine 31 lokalna vijeća mladih, 108 omladinskih organizacija te više od 1 000 aktivnih mladih ljudi na različitim nivoima.